（1 太魯閣國家公園）
奇岩峭壁，鬼斧神工，太魯閣國家公園有著全世界最大、最深、最高且最狹窄的大理岩峽谷，也是台灣珍貴的「後山」。公園內蕨類植物共176種，其中4種蕨類在全世界或全國分布都是以太魯閣國家公園為分布中心，非常珍貴。太魯閣獨一無二之處還有一種「曙鳳蝶」，是一種台灣的特有種，主要分布於海拔2,000公尺上下的山區，擁有高山抗寒能力，可說是演化上的奇蹟。
（2 玉山國家公園）
玉山國家公園玉山山脈號稱「台灣屋脊」，玉山主峰，海拔3952公尺，是東北亞第一高峰，受到板塊運動的影響，造成多處驚險的地質景觀，加上特殊氣候造成的侵蝕作用，產生多處壯觀的瀑布奇景。由於位居台灣本島中央地帶，地理位置獨特，最古老的地層在中央山脈東側，為變質岩基盤的大南澳雜岩，也是台灣最古老地層的一段，主要岩石有黑色片岩、綠色片岩、矽質片岩及大理石。還有清朝所建歷史遺跡八通關古道，生態資源與人文史蹟兼具。
（3 棲蘭山檜木林）
檜木是生長在台灣最得天獨厚的天然樹種，如同早期的蝴蝶，也是台灣經濟奇蹟，曾以外銷養活當時台灣人民。棲蘭山檜木林處中高海拔山區，峰高、谷深、雨霧足，形成孤島式的封閉性生態環境，也讓伴生於檜木林帶的珍稀裸子植物如紅豆杉、台灣杉、巒大杉等北極第三紀孑遺植物，因長期隔離演化，形成台灣僅有的特有種，歷經數千萬年至上億年的演替，堪稱「活化石樹」，在生態演化上具有指標地位，並發現有台灣黑熊及台灣野山羊、山羌等大型蹄科動物活動，是北台灣珍稀野生動物的棲息天堂。不過，由於百年量產，檜木群主體幾已喪盡，非常需要投以更多關注。
（4 卑南遺址與都蘭山）
都蘭山位於台東縣東河鄉，為卑南族人心目中的聖山，目前台灣保存最完整的新石器時代遺址，就是卑南遺址，與都蘭山有著密不可分的關係。都蘭山目前居住者為阿美族人的都蘭部落，同時許多台東的阿美族部落也視都蘭山為聖山，當地政府與居民希望藉由傳統文化與山海美景來吸引更多遊客。
〈5 阿里山森林鐵路〉
阿里山森林鐵路是世界海島國家海拔最高、落差最大的登山鐵路，也是亞洲地區海拔最高的窄軌登山鐵路，從海拔30公尺的嘉義到最高點2451公尺的祝山，落差高達2421公尺，超過當今所有的世界遺產鐵路，鐵路路線也有著世界最複雜的同心圓螺旋線。其功能從運輸伐木轉型為觀光休閒，是許多遊客的美好回憶，過去2年多來，阿里山森林鐵路歷經諸多災害，一度全面停駛，修復後，觀日出的祝山線已恢復營運。
〈6 大屯火山群〉
大屯山火山群持續2百多萬年、多次激烈的火山爆發，加上造山運動，形成今日面貌。既有2,500萬年前的老地層，還有火山地形，及後火山作用地質景觀，見證了地殼變動與地質演變的過程。與世界上同緯度乾旱沙漠地區相比，台灣潮濕多雨、地貌多變、生態豐富，主要原因是受到造山運動、火山噴發、海洋調節、東北季風盛行的影響。大屯山火山群四季分明，可說是台灣地貌與生態的一個縮影。此外，繁茂的植被和多樣的地形孕育出豐富的自然生態，深具研究與保育價值。
〈7 蘭嶼聚落與自然景觀〉
蘭嶼是位在台灣與菲律賓間的呂宋島火山海脊上的海底噴發火山島，由於母岩質地堅硬，島上山嶺陡峭，山岳台地遍布。沿岸珊瑚寄生甚多，岩石因受海水侵蝕甚烈，多成峭壁與海蝕洞穴，形成另一特殊的景觀特色。大片的山地及狹長的海岸構成美麗的地形，每年200日的雨季使島上的瀑布及霧景，千變萬化。蘭嶼的達悟族為了適應當地嚴酷的氣候、風襲擊狹長海岸地形環境，發展出特有的建築文化，可從當地傳統住屋、工作房及船屋看出端倪，由於沒有任何天然屏障，半地下的房屋建築設計，可保護居住者抵擋風雨的侵害，深具特色。
〈8 紅毛城及其周遭歷史建築群〉
淡水原為平埔族凱達格蘭人居住範圍，歷經漢人墾拓，開港通商後成為西洋文化宗教、建築、醫療、教育等進入台灣的門戶。1642年荷蘭驅逐西班牙後，荷人採用歐洲「城堡」形式，城牆內層用磚砌，外層以大石頭堆疊而成，可承受炮火攻擊，門窗極小，表現軍事城堡的封閉性。位在紅毛城東側有一領事館官邸，是一棟紅磚、拱廊的洋樓建築，英國人設計，中國匠師使用廈門紅磚施工建成，外觀的圓栱迴廊屬於一種流行於19世紀的「殖民樣式」。紅毛城及附近的歷史建築群展現了殖民風格建築，聚落與貿易港口的策略性地位，也見證了不同統治權力在淡水地區對於思考、信仰及傳統的影響。
〈9 「水金九礦業遺址」金瓜石聚落〉
原名「金瓜石聚落」的水金九礦業遺址，因金瓜石地區採礦活動而存在，擴大納入九份地區的文化景觀。九份80餘年的採礦史，有過一段黃金歲月。金九採礦區留下來的科學知識和歷史古蹟，屬於可再生的資源。地質環境記錄了地殼運動史。礦床記錄了大自然形成礦產資源的科學知識。區內主要的含銅礦物—硫砷銅礦，更是世上罕見的、少有的密集產地。不僅是自然遺產，也是文化遺產，金九的再生與往世界遺產方向的努力，可以促進地方經濟活動，也重建礦區居民的自我認同。
〈10 澎湖玄武岩自然保留區〉
澎湖群島的火山岩屬「玄武岩質」，該自然保留區包含錠鉤嶼、雞善嶼及小白沙嶼3個無人居住的離島，都是一千多萬年前由海底玄武岩質的岩漿經多次噴發，冷凝形成的玄武岩，近似六角柱或多角柱的柱狀節理，形成壯麗的玄武岩柱狀景觀。由玄武岩組成的島嶼受海蝕作用形成海崖、海蝕洞、海蝕柱、海蝕溝等天然美景，在亞洲地區群島中更是少見。由於位處偏遠，海流湍急、岩壁陡峭，人跡罕至，每年4月至9月已成為保育類珍貴稀有鳥類的繁殖天堂，2002年更發現瀕臨絕種的海洋野生動物——綠蠵龜上岸產卵，深具研究與保育價值。
〈11 台鐵舊山線〉
台鐵舊山線在地圖上的確切位置從苗栗三義蜿蜒至台中后里，沿線經勝興與后里車站；3座鐵橋龍騰斷橋、鯉魚潭橋、大安溪橋以及3個隧道，沿線景觀多變。舊山線完工於1908年，當年架橋技術未臻成熟的情況下，利用河流上游較窄的河床與較穩固的地基，挑戰環繞山路與架橋過河的艱辛工程，創造出台灣鐵路工程技術上最大坡度、最大彎道、最長花樑鋼橋、最長隧道群等偉大經典之作。舊山線兩側丘陵造就出既彎又陡的奇特地形和沿線樸質的聚落人文、古蹟及林相豐富的自然景觀。
〈12 樂生療養院〉
樂生療養院建築仍保有日治與國民政府時代建築特色，加上作為醫療設施與隔離空間的功能，特殊的衛生設備規劃與強制隔離配置，具體呈現漢生病醫療與公共衛生發展史，展現漢生病療養院之隔離特殊性與時代意義，呈現早期病患弱勢人權，吸引公共衛生、歷史、建築、環境規劃與人類學等學者之研究興趣。隨時代變遷與經濟發展，院區外的環境與自然景觀已逐漸改變，院區內漢生病院民的生活聚落也在變化，從「封閉、隔離」，演變到「開放、抗爭」，功能也從強制收容轉型為兼具漢生病院民療養與社區醫療，代表在「不可變及不可逆」的與環境互動及因應社會變遷的重要例證，目前由於捷運經過，引發許多抗爭，前途未明。
〈13 桃園台地陴塘（原為埤塘）〉
挖池堆堤蓄水，在水稻耕作的社會中並不難見，但是如同桃園台地般擁有數量如此多、面積如此大、密度如此高的埤塘，在世界上其他地區則尚未見過。桃園埤塘的形成，始於1741年的霄裡大圳，隨漢墾民陸續湧入，埤塘也急遽增加。日本台灣總督府於1928年完成引水進入桃園台地工程後，總灌溉面積達22,000公頃，將海拔100公尺以下的地區全數轉變為水稻耕作區；埤塘由原本的看天池，變成灌溉用水的調節池，對台地的生活紋理與社會文化造成深遠的影響，深具獨特性、稀有性及文化意涵等保存價值。
〈14 烏山頭水庫與嘉南大圳〉
烏山頭水庫及嘉南大圳完工於1930年，當年水利技術未臻成熟的情況下，採當時嶄新的半水力填築式工法築造的水壩，不易淤積泥沙，對生態環境的破壞減至接近零的地步，在世界土木界鮮有先例。3年輪灌制度使可享有灌溉用水的農民增加3倍，是水利工程偉大經典之作。此地重現1920年代八田與一的水利工程規劃及技術，加上烏山頭水庫珊瑚潭湖光山色，皆為珍貴的時代地景。
〈15 排灣及魯凱石板屋聚落〉
原來只有指定屏東縣魯凱族石板屋聚落，不過近期研究發現，魯凱族與排灣族文化、語言、社會組織上有許多共同點，石板屋與聚落也大同小異，都可從目前仍現存的老七佳、舊古、舊來義、舊望嘉、舊好茶等傳統石板屋聚落的文獻史料、生活文化史證明。其中又以老七佳部落最有代表性，目前仍有近50幢較完整的石板屋，為原住民族現存石板屋聚落保存最完整的地方。目前中、南排灣的「五年祭」也納入非物質文化遺產，以充實「複合遺產」潛力點內涵。
〈16 澎湖石滬群〉
澎湖石滬具備早期經濟命脈、最早生態工法及社區總體營造先河等3種價值，「以海為田」讓澎湖先民得以維持生存，但冬季海面刮起陣陣強勁的東北季風，船隻出海的危險性提高，先民利用澎湖海邊黑色的玄武岩和白色的珊瑚礁，堆起一座座石滬，利用潮汐漲退，使魚群游進滬內而被捕捉，不必與海浪搏鬥，是地方智慧的結晶。石滬是用石塊乾砌在淺水海域的人造物，很容易受風浪侵襲損壞，在1970年代以後，因其他漁作收益大增，漁民漸不重視石滬漁業經營。近年海域環境人為破壞加遽，澎湖石滬的損毀日趨嚴重，很多石滬除有積沙淤淺外，有些甚至已完全被海沙覆蓋，或只剩一些殘跡，難以重現已往景觀。
〈17 金門戰地文化〉
金門獨特的戰地文化，兼具從「負面世界遺產」（對抗、戰爭、悲劇）走向「正面世界遺產」普世價值（和解、和平、喜劇）的教育示範與啟示作用，代表人類追求和平共存的普世價值，符合世界遺產登錄標準。從西元4世紀初，中原世家大族移居於此開始，至1949年國民黨政府駐軍於此。金門地區的文化、經濟、政治歷史，與1,500年來的移民活動密不可分。移民在此地留下許多豐富的文化遺產，如建築群及「固若金湯」的軍事工事、宗教信仰、婚喪節慶禮俗等。
〈18 馬祖戰地文化〉
馬祖地區目前具有世界第一高的媽祖石神像，同時也是世界最密集軍事坑道據點。2000年馬祖列島燕鷗保護區成立，同時發現了自1937年以來就被懷疑已經滅絕的黑嘴端鳳頭燕鷗，為世界上首次發現其繁殖紀錄，亦是目前所知唯一的神話之鳥繁殖地。因軍事需要，「三山高地」出現，不過該名稱從燈塔的世尾山開始命名為「一號高地」最後命名到「三十三高地」簡稱「三三高地」，後來由於筆誤，多寫為「三山高地」，內築有「三三坑道」一座，曲折蜿蜒，鬼斧神工，是東引最佳觀光景點之一。
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